P、V型质子泵在结构上与钙泵相似，在转运质子的过程中，涉及磷酸化和去磷酸化。

质子泵，是指生物膜上逆膜两侧氢离子电化学势差主动运输氢离子的蛋白质。质子泵在泵出氢离子时造成膜两侧的pH梯度和电位梯度。质子泵维持的电位差为阳离子跨原生质膜的运输提供了驱动力，而原生质膜上的载体则控制着阳离子运输的速率和选择性。质子泵引起的质子浓度梯度也为质子与阴离子的协同跨膜运输提供了驱动力。通过细胞化学技术和电子显微技术，在植物原生质膜上已经发现ATP酶不均匀地分布在细胞膜、内质网和线粒体膜系统上。

即Ca2+泵，在肌细胞的肌质网膜上含量丰富的跨膜转运蛋白，属于P型泵，利用ATP水解释放的能量将Ca2+从细胞质基质泵到肌质网内，分布在动、植物细胞质膜、液泡膜、线粒体内膜、内质网样囊膜（SER-like organelle）、动物肌肉细胞肌质网膜上。

质子(proton)是一种带 1.6 × 10-19 库仑(C)正电荷的亚原子粒子，直径约 1.6~1.7×10−15 m ，质量是938百万电子伏特/c²(MeV/c²)，即1.672621637（83）×10-27千克，大约是电子质量的1836.5倍（电子的质量为9.10938215（45）×10-31千克），质子比中子稍轻（中子的质量为1.674927211（84）×10-27千克）。质子属于重子类，由两个上夸克和一个下夸克通过胶子在强相互作用下构成。原子核中质子数目决定其元素的种类和它属于何种化学元素。