灭菌是指杀灭病原微生物和其他有害微生物。

病原微生物是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物，或称病原体。病原体中，以细菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒体、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。某些病原体反复接触某些化学治疗药物后，其反应性不断减弱，以致最后病原体可抵抗该药而不被杀灭或抑制，这就是病原体对药物的耐受性，称为耐药性或抗药性。产生抗药性的主要原因是药物剂量不足或长期使用某种药。许多细菌会发生抗药性。病原体产生了抗药性，常使疗效减小或完全失效。抗药菌株具有遗传性，因此，在治疗疾病时要严格掌握适应症，防止滥用药物。

微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保、体育等诸多领域。在我国教科书中，将微生物划分为以下8大类：细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次氏体、支原体、衣原体、螺旋体。有些微生物是肉眼可以看见的，像属于真菌的蘑菇、灵芝、香菇等。还有微生物是一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的“非细胞生物”

灭菌是指采用强烈的理化因素使任何物体内外部的一切微生物永远丧失其生长繁殖能力的措施。灭菌常用的方法有化学试剂灭菌、射线灭菌、干热灭菌、湿热灭菌和过滤除菌等。可根据不同的需求，采用不同的方法，如培养基灭菌一般采用湿热灭菌，空气则采用过滤除菌。灭菌的彻底程度受灭菌时间与灭菌剂强度的制约。微生物对灭菌剂的抵抗力取决于原始存在的群体密度、菌种或环境赋予菌种的抵抗力。灭菌是获得纯培养的必要条件，也是食品工业和医药领域中必需的技术。